福建一共有六座寺院称为南少林寺，其中公认比较有名的有3座，分别是泉州东禅少林寺、莆田林泉院、福清少林寺。目前相对来说，更多学者和专家认为福建省福州市福清少林寺是真正的南少林寺。
下面来详细介绍福建的这3所“南少林寺”。
福清南少林寺
福清南少林寺位于福清市东张镇新宁里少林村。据传始建于唐代，后毁于战乱。
1993年，考古工作者在东张镇少林自然村发现了少林寺遗址。随后，福建省和福州市的考古队挖掘出大量珍贵文物，包括刻有”少林院”和”少林”等铭文的石桥、石碾、石盂、石槽、石碑以及瓷器、钱币、铜镜和和尚墓塔等上千件文物。
这些发现为福清少林寺的存在提供了科学的证明，获得了专家们的认可。嵩山少林寺的第33代法师释永寿亲自考察了福清少林寺遗址，并经过七天的研究后宣布，福清南少林寺的寺址无疑是真正的少林寺遗址。
泉州南少林寺
泉州南少林寺原名泉州东禅少林寺，位于泉州市东岳古道前街66号。据说是唐初嵩山少林寺武僧智空于闽建立的。泉州南少林寺一直以来都是南禅和南少林武术的中心，声誉远扬。
泉州南少林寺曾挖掘出了大量唐宋时期南少林寺的建筑部件。与此同时，在南安石井镇埭头村的颜岗寺发现了一座被认为是”南少林五祖”之一的墓塔。
这一发现为”南少林发源地在泉州”的说法提供了重要的证明。泉州南少林寺已经陆续出土了一批唐宋时期的宝贵文物，如古石基、石塔刹、石柱、药碾槽、宋瓷花瓶等。考古学家称这进一步证实了泉州南少林遗址的历史。
然而，所有这些证据仍然难以令人信服。最重要的是，没有直接的记录显示”少林寺”的字样。尽管如此，该寺对我国宗教和佛教的发展有着不可磨灭的贡献。
莆田南少林寺
莆田南少林寺位于莆田市荔城区西天尾镇九莲山林山村。1986年，在莆田市西天尾镇北部的九莲山麓，发现了一处古建筑遗址及一些北宋时期的花岗岩石槽残碑和石柱。
通过残碑和石柱上的”林泉院”和”寺山界”等字样，以及宋代石槽上刻有”当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”等遗迹，学者们推测这个遗址可能是南少林寺的遗址。
和泉州南少林寺一样，这里的遗迹所有记载只有“林泉院”的痕迹，也是没有“少林寺”的字样，所以还是不能服众称其是南少林寺。